拆除违章建筑的部门包括：县级以上地方人民政府土地行政主管部门，即国土资源管理局。该部门有权代表国家行使土地管理权，对违法占地建设行为享有查处权，可以依法作出处罚决定，责令限期改正、治理、停止施工或责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。县级以上地方人民政府城乡规划主管部门，即城乡规划局